Дата для проведения «Дня моряка-подводника» была выбрана в связи с событием, произошедшим 19 марта (по старому стилю 6 марта) 1906 года, когда по указу императора Российской империи Николая II в классификацию судов военного флота был включен новый класс боевых кораблей — подводные лодки, а в состав Российского флота включены 20  подводных лодок: «Дельфин», «Форель», а также построенные к тому времени субмарины типов «Касатка», «Сом» и «Осётр». Об этом событии свидетельствует приказ по Морскому ведомству России № 52 от 24 марта 1906 года, подписанный лично морским министром адмиралом Алексеем Алексеевичем Бирилёвым. В этом приказе, в частности, говорилось: «Государь Император (Николай II), в шестой день марта сего года, Высочайше повелеть соизволил… включить в классификацию корабельного состава флота подводные лодки». 
9 апреля (27 марта) того же года указом № 27614 был учреждён Учебный отряд подводного плавания припорте Императора Александра III в Либаве.
С той поры в Российской империи и появился новый праздник «День моряка-подводника», однако после военного переворота 1917 года отмечать его перестали. Почти восемь десятилетий спустя, праздник был возрождён. 15 июля1996 года Главнокомандующий Военно-Морским Флотом России адмирал флота Феликс Николаевич Громовподписал приказ № 253, в котором предписывалось отмечать «День моряка-подводника» ежегодно, 19 марта.
В 2008 году, Главнокомандующий Военно-Морским Флотом России адмирал Владимир Сергеевич Высоцкий в своём праздничном обращении приуроченном к Дню моряка-подводника сказал следующее:
… сегодня моряки-подводники надежно стоят на защите национальных интересов нашего Отечества. Представители самой героической и романтической морской профессии всегда отличались смелостью, храбростью и мужеством, они беззаветно преданы своему воинскому долгу. Этим обусловлена народная любовь и признательность к морякам, несущим нелегкую службу в прочном корпусе. Боевая деятельность подводных сил Российского флота на протяжении всей истории отличалась высокой активностью, моряки-подводники являли собой пример самопожертвования и профессионализма. Сила духа и мужество подводников, до конца выполнивших свой долг, золотыми буквами вписаны в героическую летопись России.
Эта цитата наглядно характеризует ту неоценимую роль, которую играли и играют подводные силы ВМФ Российской Федерации в современных мировых реалиях.
Уже традиционно, в день рождения подводных сил России, проводятся торжественные праздничные мероприятия, а особо отличившиеся моряки подводных сил России награждаются государственными наградами, памятными подарками, грамотами и благодарностями от командования.

Дорогие ветераны!
Сердечно поздравляем Вас с Днем моряка-подводника!
Желаем Вам огромного здоровья, бодрости и неиссякаемой энергии, крепкого духа, мужества, непоколебимой веры в то, что здесь, на суше, Вас всегда ждет тепло родного дома и улыбки любимых людей. Пусть не случится никогда у Вас непредвиденных ситуаций, пусть успех идет рядом с Вами! Всем морякам нужна удача, так пусть она пребудет с Вами и в морских глубинах и на суше! Пусть корпус будет крепким, товарищи надежными, любовь верной, а количество погружений равнялось количеству всплытий!
С праздником Вас!